どちらでもOKですが,本科卒業後に入学されることをおススメします。
本学は,高専本科を卒業した学生を受け入れるためにつくられた大学であり,大学院までの一貫教育に重点を置いています。学部から修士課程に進学し,研究活動を通じて,社会で通用する力をつけてもらうことを念頭にカリキュラムを組んでいます。
生活環境や,研究環境に慣れる時間を考えると,本科卒業後に本学に入学し,足場固めをしたうえで,存分に修士論文の研究に没頭した方が良いかもしれません。
高専専攻科から修士課程に入学する道も,もちろんあります。入学後に十分な成果をあげるためにも,受験前に,研究指導を希望する教員と相談するなどの準備を早めに始めることをおすすめします。(詳細はQ2. 専攻科から修士に入学するには? を参照してください)